Reichsbankdepot, Kellertresor Magdeburg
Die wertvollsten Bestände der Klosterschulbibliothek wurden kriegsbedingt in den Kellertresor des Reichsbankdepots ausgelagert. Nach Ende des Krieges wurde das Reichsbankdepot von der Roten Armee geöffnet und verbracht.
Salzbergwerk Neu Staßfurt
Der Großteil der Bestände der Klosterschulbibliothek wurde in das Salzbergwerk Neustaßfurt ausgelagert. Ungeklärt bleibt, ob die Bestände geplündert, verbrannt oder von der US-Armee verbracht wurden. Man geht heute von Plünderungen und Brandschatzung durch Fremdarbeiter im Bergwerk aus. Teile der Buchbestände, die heute als vermisst gelten, wurden aufgrund ihres schlechten Erhaltungszustandes verbrannt.
